Oddělení geoinformatiky primárně zajišťuje zpracování, analýzu a publikaci prostorových dat a služeb. Současně provádí implementaci směrnice INSPIRE a zajišťuje technické, legislativní a strategické záležitosti v oblasti národní infrastruktury prostorových dat a informací. Spravuje Národní geoportál INSPIRE, kde jsou kromě dat a služeb spadajících pod směrnici INSPIRE k nalezení i další zdroje, které jsou používány k výkonu veřejné správy na území České republiky, popř. jsou jinak zajímavé pro veřejnost.
Do geoportálu je začleněn Metainformační systém rezortu životního prostředí (MIS), který nabízí komplexní informace o datech a službách vytvářených a provozovaných organizacemi resortu životního prostředí. Národní geoportál INSPIRE tak představuje hlavní rozhraní pro přístup k tematickým datům několika desítek subjektů od centrálních orgánů veřejné správy, krajských úřadů, obcí, výzkumných institucí, až po soukromé firmy a zobrazovanými daty pokrývá širokou škálu oborů činnosti.
Oddělení geoinformatiky zajišťuje správu Národního sekretariátu GEO/Copernicus. Copernicus (dříve GMES) je evropský program pro monitorování životního prostředí a bezpečnosti, jehož cílem je poskytování včasných a přesných informací pro podporu rozhodování v této oblasti. Sekretariát koordinuje aktivity GEO a Copernicus v ČR, zajišťuje implementaci obou programů a podporuje využívání dat a služeb Copernicus v ČR. Je stálým koordinačním, iniciačním a poradním orgánem ministra životního prostředí a členů Sekretariátu pro oblast pozorování Země programu Evropské unie Copernicus a jeho partnerů, a zároveň mezinárodní iniciativy GEO (Skupina pro pozorování Země) a dalších souvisejících kosmických aktivit.
Oddělení geoinformatiky rovněž spolupracuje na tvorbě vědeckých, odborných i popularizačních publikačních výstupů zejména v oblasti krajinného pokryvu a využití krajiny.
